早期强度低：

粉煤灰硅酸盐水泥的早期强度相对较低，随着粉煤灰掺加量的增多，早期强度会出现较大幅度的下降。这主要是因为粉煤灰中的玻璃体极其稳定，在水泥水化过程中，粉煤灰颗粒被Ca(OH)2侵蚀和破坏的速度较慢，导致强度发育主要反映在后期。因此，在需要早期强度的工程中，粉煤灰硅酸盐水泥可能不是最佳选择。

操作难度：

相较于普通硅酸盐水泥，粉煤灰硅酸盐水泥在操作和施工过程中可能具有一定的难度。这可能与其独特的物理和化学性质有关，需要施工人员具备一定的专业知识和经验才能确保施工质量。

抗渗能力可能降低：

由于粉煤灰硅酸盐水泥的粗骨料下沉和水分上浮速度较快，极易造成脱水缝隙问题，从而影响其抗渗能力。这可能导致水泥制品在潮湿或水下环境中出现渗漏现象，降低其耐久性和使用寿命。

不适用于特定工程：

粉煤灰硅酸盐水泥的水化热虽然较低，但其耐热性和耐腐蚀性相对较差。因此，它不适于大体积混凝土工程和受化学及海水侵蚀的工程。在这些工程中，使用粉煤灰硅酸盐水泥可能会导致性能下降或安全隐患。

可能产生通联间隙：

如前所述，由于水分上浮速度较快和粗骨料下沉，粉煤灰硅酸盐水泥在固化过程中可能产生通联间隙。这些间隙不仅影响其抗渗能力，还可能降低其整体强度和稳定性。

综上所述，粉煤灰硅酸盐水泥虽然具有许多优点，但在使用过程中也需要注意其存在的缺点和局限性。在选择和使用时，应根据具体工程需求和条件进行综合考虑和评估。