尽管粉煤灰在废水处理中展现出许多优点，但同样存在一些缺点，主要包括以下几个方面：

吸附容量有限：粉煤灰的吸附容量相对较小，对于高浓度或特定类型的污染物，其处理能力可能有限。这可能需要大量的粉煤灰来处理废水，增加了处理成本。

处理效率较低：在某些情况下，如使用滤柱法时，粉煤灰的滤速较慢，处理效率可能较低。这可能导致处理时间较长，不利于大规模或紧急的废水处理需求。

饱和灰的处理：当粉煤灰吸附饱和后，需要进行妥善处理。饱和灰可能含有大量有害物质，如果不妥善处理，可能会对环境造成二次污染。

对特定污染物处理效果有限：虽然粉煤灰对多种污染物都具有一定的吸附能力，但对于某些特定的污染物，其处理效果可能有限。这可能需要结合其他废水处理技术来提高处理效果。

应用条件限制：粉煤灰的吸附性能受到多种因素的影响，如pH值、温度、离子强度等。在实际应用中，需要根据废水的具体条件选择合适的处理方法和参数。

为了克服这些缺点，可以通过改进粉煤灰的制备工艺、优化处理条件、开发新型复合材料或吸附剂等方式来提高其废水处理能力。同时，也需要加强对饱和灰的妥善处理和环境管理，确保废水处理过程的环保性和可持续性。